Cuộc đấu thầu có những điểm bất hợp lý: Hồ sơ dự thầu của nhà thầu được chọn đã hết hiệu lực; nhà thầu không tìm được đơn vị bảo lãnh như cam kết trong hồ sơ dự thầu; vị trí trạm, đối tượng chịu phí, lượng phương tiện và số thu trên QL5 trước và sau khi đấu thầu đã có sự thay đổi lớn; giá khởi điểm của gói thầu được lấy từ dữ liệu của năm 2004, đến nay đã lớn hơn nhiều. Và quan trọng hơn, Bộ GTVT, Bộ Tài chính và Cục Đường bộ Việt Nam đã làm phức tạp hoá mọi chuyện bằng việc áp dụng các quy định của pháp luật về đấu thầu mua cho một việc lẽ ra phải tổ chức đấu giá bán (Thông tư số 05/TTLT- BGTVT- BTC hướng dẫn chuyển giao quyền thu phí có thời hạn).

Về những điểm trái ngược trong nội dung Thông tư số 05, trên cơ sở thông tin mà báo KTHTVN đưa ra, ngày 14/6/2007, Cục Kiểm tra văn bản quy phạm pháp luật- Bộ Tư pháp cũng đã mời đại diện Bộ Tài chính, Bộ GTVT, Bộ KH&ĐT, Văn phòng Chính phủ, Cục Đường bộ Việt Nam... đến họp bàn và đưa ra hướng xử lý đối những điểm trái luật trong Thông tư 05. Tại buổi họp, đại diện Bộ GTVT và Bộ Tài chính... đều đã thừa nhận những thiếu sót của Thông tư 05 và không thể lường được những diễn biến cuộc thầu đã nằm ngoài sự điều chỉnh của văn bản này. Giải pháp tốt nhất được nhiều người đưa ra là: Huỷ kết quả đấu thầu để tránh thiệt hại cho Nhà nước và cần thiết phải xây dựng một văn bản khác để hướng dẫn việc bán quyền thu phí. Trước đó, ngày 11 và 18/5/2007, Cục Đường bộ Việt Nam cũng đã có tới hai văn bản số 1504/CĐBVN- TC và 1722/CĐBVN- TC đề nghị hủy kết quả đấu thầu với lý do như đã nêu (xem chi tiết trên báo KTHTVN số 20 và 25+26 phát hành trong tháng 5 và 6/2007).

   Diễn biến cuộc đấu thầu đến đây tưởng chừng đã đi đến hồi kết, dư luận và nhiều doanh nghiệp có ý định tham gia "sân chơi" thu phí cũng rất nóng lòng muốn Bộ GTVT ra quyết định hủy kết quả đấu thầu hoặc tổ chức đấu thầu lại để có điều kiện tham gia một cách công bằng.

   Thế nhưng, ngày 13/7/2007, Bộ GTVT lại có Công văn số 4356/BGTVT- TC gửi Thủ tướng Chính phủ đề nghị cho phép vẫn tiếp tục ký kết hợp đồng thầu cho nhà thầu là Công ty cổ phần quản lý và xây dựng đường bộ 234, đồng thời điều chỉnh lại một số nội dung của gói thầu như sau:

   Về hiệu lực của hồ sơ dự thầu: Cho phép kéo dài đến khi ký kết xong hợp đồng chuyển giao quyền thu phí của QL5 (Nghị định 88/1999/NĐ-CP quy định tối đa là 6 tháng kể từ ngày đóng thầu).

Về bảo lãnh thực hiện hợp đồng: Cho phép chỉ kéo dài đến khi nhà thầu thanh toán hết giá trị hợp đồng (hồ sơ mời thầu yêu cầu bảo lãnh đến khi thực hiện xong hợp đồng).

   Chấp thuận cho nhà thầu được thay đổi đơn vị bảo lãnh là Ngân hàng Thương mại cổ phần quốc tế VIBank- chi nhánh Hà Nội phát hành (cam kết trong hồ sơ dự thầu là Sở Giao dịch I- Ngân hàng Đầu tư và phát triển Việt Nam).

Thời gian chuyển giao đổi với Trạm số 1 QL5 là 59 tháng 16 ngày (giảm 14 ngày so với hồ sơ mời thầu) và Trạm số 2 QL5 là 59 tháng 12 ngày (giảm 18 ngày), giá trúng thầu giữ nguyên.

    Dư luận đang đặt câu hỏi: Phải chăng Công văn số 4356/BGTVT- TC sẽ biến đấu thầu thành giao thầu? Vì sao Công ty cổ phần quản lý và xây dựng đường bộ 234 đã để xảy ra hàng loạt vụ tiêu cực trong công tác thu phí vẫn được Bộ GTVT "ưu ái" đến vậy?