Theo kế hoạch, quy hoạch thoát nước mưa, chống ngập úng do mưa lưu vực sông Tô Lịch được thực thi trước và được chia làm 2 giai đoạn; sau đó đến công tác thoát nước lưu vực sông Nhuệ; sau cùng là xử lý nước thải ở hai lưu vực này.

Đến nay, giai đoạn 1 đã kết thúc. BQL dự án đã xây dựng được cụm công trình đầu mối Yên Sở; xây dựng hệ thống hồ điều hoà Yên Sở; cải tạo, nạo vét, kè thoát nước sông Tô Lịch, sông Sét, sông Kim Ngưu, sông Lừ; cải tạo các hồ nội đô; cải tạo và xây dựng 24 km cống thoát nước; xây dựng 2 trạm xử lý nước thải ở Kim Liên và hồ Trúc Bạch; thu hồi 470/504ha đất để thi công… Các công trình này đã được đưa vào sử dụng. Ngoài ra, BQL dự án còn chuẩn bị trước mặt bằng cho nhiều hạng mục dự án giai đoạn 2.

Được biết, giai đoạn 2 của dự án bắt đầu triển khai nhưng đang gặp khó khăn về vốn. Ông Phạm Văn Cường, Giám đốc BQL dự án, cho biết, phía nhà tài trợ chỉ cam kết cho vay vốn ODA với điều kiện giai đoạn 2 chỉ tập trung công tác thoát nước cho lưu vực sông Tô Lịch và nghiên cứu lập dự án xây dựng các nhà máy xử lý nước thải quy mô lớn. Việc thoát nước sông Nhuệ và xây dựng các nhà máy nước thải quy mô lớn sẽ xem xét trong các năm tiếp theo. Hiện UBND thành phố Hà Nội đang trình Chính phủ và Bộ KH-ĐT xin vận động các nguồn tài trợ. Mặc dù vậy, dự án vẫn đang được triển khai. Mục tiêu của giai đoạn 2 là tiếp tục chống ngập úng trong lưu vực sông Tô Lịch; cải tạo, nâng cấp hệ thống cống thoát nước, các hồ tiêu nước nội thành; cải thiện môi trường lưu vực sông Tô Lịch; tăng cường năng lực quản lý và bảo dưỡng hệ thống thoát nước; lập dự án xây dựng các nhà máy xử lý nước thải… với tổng vốn đầu tư 6,3 tỷ đồng.

Hiện nay, BQL dự án đã tổ chức sơ tuyển và đã hoàn thành 9 gói thầu như: xây dựng cơ sở hạ tầng bảo vệ trạm bơm và cung cấp thiết bị, phụ tùng thay thế cho trạm bơm Yên Sở; cải tạo thoát nước sông Kim Ngưu; thay thế cầu qua sông và đường công vụ sông Tô Lịch, sông Sét… Vừa qua, công trình nâng cấp, mở rộng trạm bơm Yên Sở và bãi đổ đất nạo vét và bùn (65 ha) đã được khởi công. Dự kiến việc đấu thầu các gói thầu còn lại sẽ kết thúc vào quý I/2009. Các hạng mục công trình dự kiến sẽ kết thúc vào cuối năm 2011 và toàn bộ dự án sẽ kết thúc vào cuối năm 2013

Có một vấn đề đặt ra: Nếu không đủ vốn để thực hiện đầy đủ các hạng mục công trình thì công tác thoát nước Hà Nội trong tương lai gần sẽ ra sao? Các hạng mục công trình chủ yếu vẫn là cải tạo, nạo vét. Còn việc xây dựng thêm và nâng cấp, phục hồi các trạm bơm tiêu của Hà Nội thì không được điểm tên trong dự án. Trận mưa vừa qua chỉ có trạm bơm Yên Sở hoạt động. Chỉ một chút nữa, trạm bơm này cũng bị "tê liệt" vì nước ngập quá cao. Về vấn đề này, phóng viên báo Kinh tế Hơp tác Việt Nam trao đổi với ông Lê Văn Dục, Phó giám đốc Sở Xây dựng Hà Nội, ông Dục khẳng định: "Chúng tôi có nhiều thiếu sót. Ngay bây giờ, chúng tôi không chờ quy hoạch tổng thể nữa. Cái gì làm trước được thì phải làm. Cùng với việc thực hiện dự án, chúng tôi sẽ chủ động lên kế hoạch phục hồi ngay 4 trạm bơm (Đồng Bông 1, Đồng Bông 2…), mua thêm máy bơm và máy nạo vét cho các trạm bơm".